これまでの新島研究は、彼の政教分離にも、文明観にも、あまり関心を払わなかった。なぜならば、新島のキリスト教は、アメリカのキリスト教の直輸入であり、彼の文明観も、一九世紀ニューイングランドのピューリタンたちのそれと同じものだという、一つの共通理解が、存在してきたからである。
　しかし、新島は、ヨーロッパ教育視察の時期を境にして、神に祝福された文明強国イギリスの前史は、中世の世俗的権威からは自由な大学を起源とした、イギリス人民による経済的・政治的な人権伸張の歴史があったことを知るとともに、カトリックのみならず、その他の異教の下の人々も文明化のための自助努力を行っていることを知る。そして新島は、このような文明観に基づいて、神の愛は、地上の全ての個人と国家にも開かれたものであるという救済論を獲得する。
　政教一致は、人民における自治精神、権利意識の発展を阻み、主体的な独一真神の受容には有害なものである。独一真神への信仰は、諸々の神々の中から、民が自主的に選び取ってこそ、神の祝福を得ることができる。新島は、このような理由に基づいて、彼の従来の政教一致論とは訣別し、政教分離を主張するに至る。そして、新島のこのような政教分離論は、彼の周囲に存在していたところの、一九世紀のプロテスタント教会の現世的権力的な傾向に対する批判でもあった。

　　There has existed a common understanding that Niijima's view of civilization was the same as the Puritan's view of New England in the nineteenth century.

　　But, after an educational inspection in Europe, Niijima came to recognize that there existed a long suffering history of English people to extend their economical and political rights. It originated from a learning community appearing in universities founded freely from the worldly authorities in the Middle Ages, and that people under the influences of Catholicism or other heathen religions independently were trying to "civilize" them. And, under these views of civilization, he acquired his new salvation theory that God's love is open to all individuals and nations on Earth.

　　Unity of church and state is harmful in promoting people's spirit of self-government and consciousness of rights, and to accepting God independently. People choosing to believe in God are only blessed when they choose him voluntarily out of many gods in the world. For these reasons, he parted from his old thinking of unity of church and state. And his new theory of separation of church and state was also intended to criticize the worldly and authoritative tendencies emerging in the Protestant church around him in the nineteenth century.